刺客信條3的主角叫康納，他是一位英美混血兒，在那群殖民者毀壞并燒毀了自己曾經居住的村莊后，他走上了反抗殖民者政權以及對抗那些丑陋的圣殿騎士道路。
　　游戲核心依然是與圣殿騎士進行對抗，而這一次的刺客信條3通過美國的獨立革命來敘述全部的故事。不過游戲這一次主要不是以贏得革命為主，而是以Connor的旅程為主線講述了Connor的一生的經過。玩家也可以操控Connor經歷并可以影響整個戰斗與政治上的歷史事件，而同時康納所做的沒一件任務也會給在現代中的主角Desmond（德斯蒙德）帶來一些影響。